生物物理所是中科院最早培养研究生的单位之一。1955年国家首次建立研究生培养制度后，研究所在1955-1977年这段期间先后招收了2批共6名研究生。1978年国家恢复研究生招生制度后，研究所先后被列为国务院首批博士和硕士学位授予单位、自行增列博士生导师试点单位，以及中科院博士生重点培养基地。国家恢复研究生招生制度后，首位生物学博士徐功巧(也是国内培养的第一位女博士)在生物物理所毕业并获得理学博士学位。
研究所的学科设置包含了生物学、心理学和基础医学3个一级学科。设有生物化学与分子生物学、生物物理学、认知神经科学、神经生物学、细胞生物学、生物信息学、免疫学共7个二级学科专业博士培养点;以及生物与医药、生物化学与分子生物学、生物物理学、认知神经科学、神经生物学、细胞生物学、生物信息学、免疫学共8个二级学科专业硕士培养点。
在导师队伍建设方面，研究所拥有一支学术造诣深、具有国际影响力和国内公认的杰出研究员队伍，为国家培养输送大批优秀的生命科学领域的科学家、企业家及优秀青年学科带头人，毕业生当中已有3位成为金沙集团1862cc院士。
生物物理所秉承金沙集团1862cc “全院办校，所系结合”、 “三统一、四结合”以及“科教融合”的办学方针，坚持以培养高层次、高素质创新创业人才为目标，严格把控研究生的各个培养环节。研究所从招生宣传、导师遴选、师生互选、课程学习、考核评定、学风建设、论文要求、研究生思想教育等各培养环节不断改革创新，保证了研究生培养质量，曾有6人获得教育部全国百篇优秀博士论文奖。
2014年生物物理所牵头承办金沙集团1862cc大学最大的基础学院——生命科学学院。该学院汇聚京区生命科学研究最优秀的核心人才和优势资源，构建科教融合平台，协同创新，教研相长，以卓越的科学研究队伍支持一流的本科生和研究生教育，培育未来生命科学领域的菁英人才。
研究所通过不断完善培养方案、师资队伍建设、教学设施建设、组织科研实践、教学全程管理等一系列措施，稳步提升教育教学水平。在2016年教育部第四轮学科排名评估中，金沙集团1862cc大学生物学一级学科取得了A+的优异成绩，位列全国生物学前2%。
面向未来，生物物理所将坚持金沙集团1862cc“科教融合、育人为本、协同创新、服务国家”的办学理念，全面贯彻落实党的教育方针，落实立德树人根本任务，培养“有理想、有本领、有担当的青年一代，培养担当民族复兴大任的时代新人，为培养德智体美全面发展的国际一流科技人才而不懈奋斗，持续为国家科教事业发展、中华民族伟大复兴做出贡献。
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