交叉科学所重点实验室是伴随着生物物理研究所知识创新工程的深入开展于2011年成立的，通过整合生命科学仪器与技术创新、生物技术与应用等各分支学科，2014年实验室以优异成绩被认定为北京市工程技术研究中心并正式开放运行。交叉科学所重点实验室自成立以来，始终坚持面向国家战略需求和生命科学前沿，坚持学科交叉，重视自主创新，产出了一系列卓有成效的科技原创成果，凝聚、吸引、培养了一支具有大跨度学科交叉研究能力的中青年特色创新团队，为基础研究提供了有力的支撑保障。

　　在生命科学仪器与技术创新方面，金沙集团1862cc北京生命科学研究院依托生物物理研究所于2009年成立了生命科学仪器技术创新中心，旨在为中科院生命科学研究提供国际水平的先进仪器设备和实验方法技术，该中心具体挂靠在交叉科学所重点实验室。截至目前，已独立承担多项国家级科研装备研制任务，其中，于2012年初启动的首批国家重大科研仪器设备研制专项“光电融合超分辨生物显微成像系统”为当年生命科学领域唯一一个立项的项目。时任实验室主任带领团队历经四年时间，率先研制出了处于国际领先水平的设备级系统，并在超分辨成像领域取得了一系列重要研究成果，由于该项目进展顺利、成果突出，被基金委列为第一个提前一年结题的研制专项。该仪器首次实现了三维冷冻单分子定位超分辨成像与低温透射电镜融合成像、片层光超分辨成像与扫描电镜融合成像，发展的超分辨光电融合成像技术对推动生命科学前沿领域发展有着重要意义，所取得的一批高水平论文和发明专利成果（如冷冻含水样品的超分辨光电融合成像技术等）得到了国际同行的广泛认可，为基础研究提供了强有力的支撑。

　　在生物技术与应用方面，实验室在工业级蛋白质高效制备、疾病检测方法技术、ATP分子马达高灵敏度快速检测技术以及空间生物技术等方面拥有良好的工作基础和研究队伍，研究成果有的已成功用于企业生产，有的得到国内外企业/财团的资助支持，一批新的技术生长点正在哺育。