EMDB-China(http://www.emdb-china.org.cn)网站自2018年8月发布以来,已稳定运行5个月,网站点击量累计近万次。为进一步完善EMDB-China网站的数据服务功能、提升用户体验,自2019年1月起EMDB-China网站正式升级为EMDB/EMPIAR-China网站。该网站在对EMDB网站数据作镜像的同时,新增了EMPIAR网站数据的镜像,为方法学研究提供了大量的测试数据集,同时该部分数据集也可以用来做练习。
图1. EMDB/EMPIAR-China网站首页
本次网站在服务功能方面的升级主要体现在EMDB/EMPIAR-China网站数据更新周期、EMPIAR数据页面展示和EMDB数据远程可视化工具升级三方面:
1、EMDB/EMPIAR-China网站数据更新周期
数据更新包括两部分内容,一是EMDB/EMPIAR-China FTP与EBI-EMDB/EMPIAR之间每周三的自动同步,均以FTP显示时间为准,EMDB数据同步约需4小时,EMPIAR因数据量较大,完成同步需3-4天;二是网站中EMDB/EMPIAR-China的显示数据更新,以网站首页last updated日期为准,EMDB-China显示数据每周三当天更新,而EMPIAR同步周期较长,为保证网站更新时间的一致性,EMPIAR-China显示数据滞后1周,即下一个周三更新。
2、EMPIAR数据页面展示
EMPIAR数据页面相关功能包括:新增EMPAIR数据页面、EMPIAR数据的搜索、浏览、release date数据排序查看,以及与EMDB-China数据之间的关联查询等。
图2. 新增EMPIAR-China数据页面展示
3、EMDB数据远程可视化工具升级
新版EMDB数据远程可视化工具提供基于Web的在线EMDB数据预览查看及三维交互,支持Chrome、Firefox、Safari等一系列主流浏览器,使用过程中无需另行安装插件或其它运行环境。新版工具在原有可视化工具基础上对可视化效果进行了改进,通过等值面结合颜色映射的方法更好地展现了EM数据内部形态;加入了新的数据减量传输策略,大幅降低了网络通讯量及数据下载时间;并采用渐近式可视化方法加快了页面响应速度,提升了用户交互体验。
图3. 远程数据可视化交互页面
为了给用户提供更好的访问体验、完善更多功能,在金沙集团1862cc与金沙集团1862cc计算机网络信息中心合作下EMDB/EMPAIR-China功能开发一直在紧锣密鼓的推进中,目前该项目运行良好,未来将有更多数据校验、数据提交等功能上线,敬请期待。
(供稿:金沙集团1862cc蛋白质科学研究平台生物成像中心;金沙集团1862cc计算机网络信息中心